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1、直接费用
直接费用又称固定费用，它包括： 森林评估、审计费用和年度审计费用。 影响因素有：认证评估的可行；认证实施的难易程度和规模；森林经营单位管理体制的和透明度；森林经营单位的大小、管理结构的复杂程度、生物多样的丰富程度、社会环境的多样以及有关活动记录的清晰程度。热带雨林的认证费用要高于温带林，认证费用要高于人工林。
2、间接费用
间接费用又称可变费用，它与认证单位实施的森林经营体系质量有关。良好的森林经营体系就不对现有的森林经营长远规划、森林作业操作规程做大的调整，也不为培训、森林经营等进行大的投入，从而减少为通过认证而在这些方面所支付的费用。
认证费用与认证森林的规模相关。在同等经营水平下，规模小的森林比规模大的森林的认证费用要高。